El segundo pilar más importante para obtener una pérdida de peso es la realización de ejercicio físico. Esta estrategia es capaz de aumentar nuestro gasto energético favoreciendo un balance energético negativo. El ejercicio físico incrementa el uso de energía mediante la movilización de diferentes fuentes, que varían en función del tipo y la duración de este. Sin embargo, la presencia de determinadas variantes genéticas puede aumentar nuestro riesgo de obesidad dificultando la realización de una pérdida de peso. No obstante, algunas de estas variantes son sensibles a la práctica de ejercicio físico la cual puede llegar a reducir su efecto y facilitar esta pérdida de peso.

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