En esta fase, las enzimas actúan sobre las moléculas creadas en la fase I, facilitando su excreción al exterior. Algunas variaciones genéticas predisponen a que este sistema no sea lo suficientemente eficiente, por lo que contribuyen a la acumulación de radicales libres, aumentando los efectos nocivos de estas moléculas. Algunos alimentos como las verduras de la familia de las crucíferas contienen sustancias que tienen la capacidad de estimular la actividad de algunas de las enzimas que participan en esta fase. De esta manera, la fase se agiliza, reduciéndose la formación y acumulación de radicales libres que puedan dañar a nuestro organismo.
